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在品种研发与提纯方面，柯城睡莲种苗基地投入大量资源开展品种研发工作，拥有专业的育种实验室，配备先进的育种设备，如组培苗培育设备、柯城基因检测设备等。育种团队通过杂交育种、柯城诱变育种、柯城附近组培快繁等技术手段，培育具有优良性状的新品种，例如培育出抗病虫害能力强、柯城当地耐污染、柯城附近观赏价值高的柯城睡莲品种；同时，对现有品种进行提纯复壮，通过多代筛选，去除变异株、柯城本地劣株，确保品种纯度不低于 95％，避免品种退化，维持种苗的优良遗传特性。此外，基地还会对培育出的新品种进行田间试验，观察其在不同气候、柯城本地土壤、柯城附近水质条件下的生长表现，筛选出适应性强的品种进行规模化繁殖
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